９月７日上午，在钓鱼岛附近海面，日本石垣海上保安部所属的巡逻船，和在当地进行捕捞作业的中国闽晋渔５１７９号渔船发生碰撞，所幸没有造成人员伤亡。随后，日方巡逻船对中方渔船实施拦截，日方人员登上中国渔船。当天，中国外交部副部长宋涛奉命约见日本驻华大使丹羽宇一郎，就日本海上保安厅巡视船在钓鱼岛海域拦截我渔船事提出严正交涉，要求日方停止非法拦截行动。外交部发言人姜瑜在７日天举行的外交部例行新闻发布会上也指出，中方对此严重关切，已向日方提出严正交涉，强调钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国领土，要求日本巡逻船不得在钓鱼岛附近海域进行所谓“执法”活动，更不得采取任何危及中国渔船及人员安全的行为。中方将密切关注事态发展，保留作出进一步反应的权利。

　　日本《朝日新闻》援引日本海上保安厅的说法称，７日上午１０时１５分左右，日本“与那国”号巡逻船在久场岛（中国称“黄尾屿”）西北１２公里附近海域，发现这艘中国渔船在进行捕鱼作业，遂发警告并要求中国船只退出该海域，中国渔船开始收网航行。这时，中国渔船左舷船头撞到“与那国”号的左舷船尾，巡逻船的扶手栏杆支柱随之断裂。共同社报道说，当时另两艘日本巡逻船“水城”号和“波照间”号一边发出停船命令，一边追踪中国渔船。中国渔船没有听从命令，并与“水城”号右舷发生碰撞。下午一点左右，６名海上保安官在日本领海之外的海域登上中国渔船，使其停航。

　　日方称，中国渔船的１５名船员都是中国人。日本海上保安厅决定逮捕４１岁的中国渔船船长，并将其带到冲绳县石垣市，而其余１４名中国船员不会被立案，但他们已被带往石垣岛，并将在渔船上等待处罚结果。

　　对于日本方面“中国渔船撞击日本巡逻艇的说法”，闽晋渔５１７９号渔船的船主吴天祝指出，长仅３７米的小吨位渔船不可能去撞击近８９米长的大吨位日本巡逻船。

　　在中国向日本表示抗议的同时，日本外务省亚洲大洋洲局审议官北野充召见中国驻日使馆公使刘少宾，对事件表示遗憾并“抗议”。北野称，“这是中国渔船进入日本领海非法作业的事件。”７日晚间，日本外务省亚洲大洋洲局局长给中国驻日大使程永华打电话，再次表示“严重抗议”，并表示日本政府准备依照日本国内法律进行处理。

　　９月５日，日本民主党前干事长小泽一郎在角逐党魁候选人时表示，钓鱼岛“在历史上从没被承认过是中国领土”。

　　２００８年６月钓鱼岛附近海域曾有日本巡逻船与台湾渔船碰撞，导致渔船沉没。