２００８年５月２０日，马英九在台北“总统府”宣誓就任。国民党与马英九卧薪尝胆８年，终于熬到了“执政”的这一天。这也标志着台湾的“马英九时代”已正式来临。与此同时，下台的陈水扁则坏消息不断。

　　马承诺维持现状

　　据台湾媒体报道，“总统”陈水扁已于５月１９日搬离台北玉山官邸。２０日一早，扁在“总统府”与“邦交国”元首握手告别。８点５５分，马英九与妻子周美青抵达“总统府”，与萧万长夫妇会合后，上“总统府”三楼晴厅。陈水扁与“副总统”吕秀莲在晴厅迎接，众人一起前往大礼堂交接。马、萧于９点整开始宣誓就任“中华民国”第１２任“正、副总统”。仪式结束后，马、萧送扁、吕离开“总统府”，随后返回“总统府”参加“行政院长”刘兆玄与“国安会秘书长”苏起宣誓就职仪式。

　　随后，马、萧驱车前往台北市多功能体育馆，马以《人民奋起，台湾新生》为题，发表就职演说。他承诺，将以最符合台湾主流民意的“不统、不独、不武”的理念，在“中华民国宪法”架构下，维持台湾海峡的现状，期盼海峡两岸共同开启和平共荣的历史新篇章。

　　搁置争议　和平共荣

　　在演讲中，马英九表示，会继续在“九二共识”的基础上，尽早与大陆恢复协商，并与大陆寻求共同利益的平衡点。马英九指出，他注意到胡锦涛最近３次有关两岸关系的谈话，分别是３月２６日与美国总统布什谈到“九二共识”、４月１２日在博鳌论坛提出“四个继续”，以及４月２９日主张两岸要“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”，马认为这些观点都与其理念相当一致。因此，他“愿诚恳地呼吁：两岸不论在台湾海峡或国际社会，都应该和解休兵，并在国际组织及活动中相互协助、彼此尊重”。

　　马英九说：“两岸人民同属中华民族，本应各尽所能，齐头并进，共同为国际社会做贡献，而非恶性竞争、虚耗资源。”他深信，“以世界之大、中华民族智慧之高，台湾与大陆一定可以找到和平共荣之道”。他指出，“两岸问题最终解决的关键不在主权争议，而在生活方式与核心价值”。他说，“台湾真诚关心大陆１３亿同胞的福祉，由衷盼望中国大陆能继续走向自由、民主与均富的大道，为两岸关系的长远和平发展，创造双赢的历史条件”。这是台湾高层十几年来第一次用“同胞”一词。

　　在演讲中，马英九还提到四川大地震，称台湾人民不分党派都提供援助，希望四川灾民安置早日完成。

　　笔者认为，在马长达３８００余字的演讲全文中，有两个关键论述值得注意。一是两岸关系的“不独不武”，一是岛内政治的清明廉能。他力图在两岸取得和解，在“朝野”取得共识，有争议的部分就先搁置争议，希望树立合作的典范，最大程度地争取双赢。不过，马要达到这些目标其实相当不易。

　　扁的枪伤留谜团

　　另外，陈水扁卸任不到一个小时，台湾“最高检察署特侦组”就已正式分案侦办，将陈水扁列为“国务机要费案”被告，并对其发出限制出境通知。

　　２０日下午，“特侦组”召开记者会，检察官吴文忠在现场针对媒体询问将陈水扁列为贪渎被告的看法、是否将来起诉时，脱口而出：“应枪毙才对。”据了解，吴文忠有丰富的办案经验，承办过谢长廷“政治献金”等案；去年４月“特侦组”成立后，该案移交“特侦组”侦办，吴即是承办人之一。

　　陈水扁涉及的“国务机要费”弊案，由岛内前“查黑中心”检察官陈瑞仁侦结，于２００６年１１月３日依“贪渎、伪造文书”罪嫌，将吴淑珍及前“总统府副秘书长”马永成、“总统办公室主任”林德训、“第三局出纳”陈镇慧等人起诉；陈水扁因有“刑事豁免权”，直到２０日卸任才由检方追诉。台湾检方表示，除了将传讯陈水扁到案外，也将对他的家族资金流向进行清查，如果有海外账户，“特侦组不排除出境调查”。

　　另据台湾《中时电子报》报道，新任“国防部长”陈肇敏２１日首次赴“立法院国防委员会”备询时透露，“（３·１９枪击案中，）陈水扁肚子上的枪伤，根本就不是在２００４年３月１９日在台南市金华街第一现场所造成”。

　　陈肇敏此话一出，岛内舆论哗然，媒体再次掀起了跟踪３·１９枪击案真相的热潮。