近年，岛内针对两蒋功过是非的讨论此起彼伏，观点从未统一过。不过，每当有人试图攻击蒋经国时，马英九总会站出来说话。２００７年１０月，“海基会”（海峡交流基金会）拍摄的“两岸交流２０年纪录片”中没有蒋经国的画面，引发了舆论猜想，马英九随即以历史见证人的身份发表谈话：“要谈两岸交流的历史，蒋经国开放台湾人民到大陆探亲是关键的一步，因此不该被遗漏。”

　　去年底，台湾“行政院新闻局长”谢志伟，批评蒋经国时代消费物价指数曾升至４７．５％，还说台湾民众现在身在福中不知福。马英九立刻反驳，指蒋经国刚上任就遇到了第一次石油危机，但处理得当，那一年民众所得上升了３６％，正好抵消了物价上涨。

　　岛内分析人士认为，马英九不仅极力维护蒋经国，也在学习、实践蒋经国的为政之道。２００６年出任国民党主席时，马英九曾表示，国民党会延续蒋经国勤政、清廉、爱民的精神，继续以三民主义为实践理念。马英九的核心幕僚也曾对媒体表示，蒋经国是马英九的学习对象。

　　蒋经国一生清廉，马英九出任国民党主席后，也要求县市长清廉、勤政、爱民，他自身的清廉形象更为岛内外舆论称道。就连去年马英九骑自行车下乡运动，也被岛内媒体解读为“遵循了蒋经国的亲民路线”。