自年初以来，巴基斯坦总统穆沙拉夫在国内外问题上面临诸多严峻挑战：美国一再向巴基斯坦施压，要求其进一步打击国内的极端组织；解除最高法院首席法官乔杜里的职务，引发了全国性的抗议活动；流亡在外的巴基斯坦反对派领导人，频频制造旨在推翻穆沙拉夫统治的小动作；“红色清真寺”事件更是乱上添乱。

　　面对“红色清真寺”对政府的挑战，穆沙拉夫起初并不愿用武力解决问题。因为阿齐兹兄弟在巴政府内有不少支持者，一些政府军军官的子女也在该清真寺的宗教学校内学习。如果对“红色清真寺”使用武力，会在政府及军队内产生强烈震荡。

　　但在对话和劝说无效的情况下，穆沙拉夫毅然决定对“红色清真寺”发动强攻。由于该清真寺与“基地”等国际恐怖组织有关联，因此，穆沙拉夫的这一举动获得了美、中等国的支持，也获得了巴基斯坦多数民众及媒体的支持，同时打击了政府及军队内部的极端势力。