贝·布托遇刺身亡后，最让人忧心的是，巴基斯坦的核武器会不会落入恐怖分子之手。

　　美国方面早就有人担心，在世界有核国家中巴基斯坦政局最不稳定，一些领土还被敌视反恐行动的极端主义分子控制，一旦这些核武器被偷窃后用于恐怖袭击，后果将不堪设想。在贝·布托突然遇刺引发的乱局下，许多国家表达了同样的忧虑。对此，２００７年１２月２８日美国五角大楼发言人加里·凯克表态：“我们的评估认为，巴基斯坦的核武库处于巴基斯坦军队控制之中，当前我们无须担心。”然而形势果真如美国预想的那么乐观么？

　　哈佛大学的格拉哈姆·艾利逊在《新闻周刊》发表的文章中对此提出质疑。他在２００３年底曾问过穆沙拉夫总统：“听说巴基斯坦的核武器受保护程度比总统您还高，非常安全，是真的吗？”穆沙拉夫晦涩地答道：“这就是问题所在。”艾利逊认为，掌控核武器的军人中有潜在的不满穆沙拉夫的势力存在，巴、阿边境基地势力的恢复，这都不有利于核武器的安全管理；最大的问题是，为了防止在被印度先发制人的打击中被集中消灭，巴将武器监管职能分散到了多个战略与安全机构，无形中增加了个别部队监守自盗的危险。所以，基地组织有机会获得核武器的担忧并非杞人忧天。

　　作为对巴基斯坦局势最为关心的邻国，印度也很担心巴核武器的安全问题。元旦那天，印度外交部发表通报说，印巴当天分别在两国首都通过外交渠道，交换了彼此的核装置和核设施清单，这是两国自１９９２年以来连续第１７次交换核装置和核设施清单。因为印巴两国早在１９８８年就签有协议，禁止两国互相攻击对方的核设施，并要求两国在每年的１月１日交换彼此的核装置与核设施清单。印巴双方此时和往年一样按惯例履行协议，说明印方依旧信任巴方，在一定程度上也缓解了外界对巴核武器问题的担忧。